黒木さん、
たすくです。
qmake は Qt 4 にしか対応していないようですが、 cmake の方は Qt 5 でもビルドできるようになっていたんですね。
というわけで手元の Qt 5 の環境でビルドしたところ変換中に文字が白くなる同じような現象になりました。 Gentoo Linux amd64, Qt 5(5.4 branch), poppler(master branch), texworks(trunk) だいたい自分でビルドした、かなり最新に近い環境です。
Windows でその環境を整えてビルドするのは結構骨が折れそうですが頑張ってやってみてください。
私の方でも暇を見つけて原因を探ってみたいと思います。