黒木さん、
たすくです。
http://doc.qt.io/qt-5/qtextedit.html#setExtraSelections QTextEdit::setExtraSelections() を使用し、QTextFormat::FullWidthSelection で 現在の行の背景のフォーマットを指定した場合に、 日本語入力などが指定する変換のハイライト用の背景色の設定が適用されずに 変換中の文字が読みにくくなる現象になるということが分かりました。
この現象は Qt 側のバグだと思いますので、とりあえずバグを報告しておきました。 https://bugreports.qt.io/browse/QTBUG-43756 余裕があったら修正もしたいと思いますが、あまり期待しないでください。
TeXworks では「設定」の「エディタ」の「現在カーソルのある行をハイライトする」のチェックを外すことで とりあえず問題は回避できると思うので試してもらえますか?
よろしくお願いします。