たすくです。
黒木さん、はじめまして。
TeXworks のテキスト入力には QTextEdit の派生クラスが使われているようですので、 まず、QTextEdit 自体でその問題が再現するか確認してはいかがでしょう?
QTextEdit でも再現する場合は Qt 4 の問題ですので https://bugreports.qt-project.org/ へバグ報告をお願いします。
QTextEdit で再現しない場合には、詳細な再現手順と QTextEdit では再現しない旨を TeXworks に伝えて修正してもらうのがいいと思います。 https://code.google.com/p/texworks/source/browse/trunk/src/CompletingEdit.cp... void CompletingEdit::updateColors() で色まわりを変更しているのでこの辺のような気がしますが、 Qt4 のデバッグ環境はもう手元に無いのでこれ以上は調べていません。
ちなみに Gentoo Linux amd64 の環境で最新の texworks (r1391) をビルドして qimsys という日本語入力ソフトで入力したところ Windows よりは若干いいですが意図しない動作(IM 側で指定している色と描画が異なる) になりますね。 参考のため画像を添付します。
r1391 をビルドするとエラーになったのでそれを修正するためのパッチも添付します。
よろしくお願いします。